Situé au-dessus des plots de téléportation, le scanner à imagerie moléculaire était utilisé pour analyser le sujet et le convertir en flux de matière.
C'était un appareil critique, qui pouvait faire échouer la téléportation si jamais il était désaligné ne serait-ce que de 0,1%. Chaque plot de téléportation était équipé de quatre scanners, dont trois de secours. Le scanner à imagerie moléculaire pouvait aussi servir programmer les biofiltres. Grâce à lui, on pouvait identifier des schémas moléculaires spécifiques et reprogrammer les biofiltres afin d'en exclure des molécules indésirables (TNG: "Realm of Fear").
En 2369, alors que le chef Miles O'Brien devait remplacer sa femme Keiko à l'école, il arriva en retard parce que le scanner à imagerie moléculaire du téléporteur du centre des opérations devait être ajusté (DS9: "The Nagus").